Ferdinand Karl wurde als das vierzehnte Kind (vierter Sohn) von Maria Theresia und Franz I. Stephan von Lothringen am 1. Juni 1754 in Wien geboren. Sein voller Name lautete Ferdinand Karl Anton Joseph Johann Stanislaus. Als einer der jüngsten Nachkommen Maria Theresias kam er für die Thronfolge nicht in Frage, was ihm eine unbeschwerte und erfüllte Kindheit bescherte. Aufgrund der Heiratspolitik seiner Mutter wählte diese bereits früh Maria Beatrice d’Este, die Tocher des Herzogs von Modena-Este, als Ferdinand Karls zukünftige Ehefrau. Diese heiratete er am 15. Oktober 1771 in Mailand. Trotz der Prädestination der Vermählung durch Maria Theresia war es eine glückliche Ehe, welcher neun Kinder entsprangen. Die Linie Habsburg-Este war entstanden.
Um 1780 wurde Ferdinand Karl Statthalter der Lombardei, und obwohl er als solcher politisch nicht besonders einflussreich war, da sein Bruder Joseph ihm wenig Spielraum liess, setzte er sich stark für das Wohl der Bevölkerung ein, was ihn bei dieser beliebt machte. Als 1796 Napoleon in der Lombardei einmarschierte, war Ferdinand Karl gezwungen, mit seiner Familie aus Mailand zu flüchten. Über Triest und Brünn gelangten sie nach Wiener Neustadt, wo sich Ferdinands Gemahlin mit einem Teil der Familie niederliess. Er selber zog mit seinen älteren Söhnen ins Schloss Belvedere in Wien, wo er am 24. Dezember 1806 starb.