Marie Christine wurde am 13. Mai 1742 als fünftes Kind der Kaiserin Maria Theresia und Kaiser Franz I. Stephans in Wien geboren. Sie verliebte sich in den Prinzen Albert-Kasimir von Sachsen-Teschen, welcher des öfteren Gast am Wiener Hof war. Kaiser Franz I. Stephan sah diese Bindung nicht gerne, denn sie war nicht im politischen Sinne. Er hatte für Marie Christine den Herzog von Chablais, seinen Neffen und somit Marie Christines Cousin, vorgesehen. Marie Theresia hatte volles Verständnis für Marie Christine, von der man sagt, sie sei die Lieblingstochter der Kaiserin gewesen.
Nach dem Ableben ihres Vaters stand ihr der Weg offen, ihren Gemahl frei zu wählen, und so heiratete sie den Prinzen von Sachsen-Teschen im Jahre 1766. Dieser erbte von seinem Vater beträchtliche Gebiete in Teschen und nannte sich darauf Herzog von Teschen. Marie Christine gebar eine Tochter, Christina, welche jedoch am 16. Mai 1767 noch in der Wiege verstarb. Die Geburt war sehr schwierig, was dazu führte, dass Marie Christine keine weiteren Kinder mehr kriegen konnte. Deshalb überliess ihr der Bruder Leopold II. seinen Sohn Erzherzog Karl, welchen sie adoptierte. Im Jahre 1780 ging Marie Christine mit ihrem Mann nach Brüssel, weil er das Amt des niederländischen Generalstatthalters zugesprochen erhielt. Nach zwei Fluchten aus den Niederlanden erkrankte Marie Christine im Jahre 1798 an schweren Magenproblemen, worauf sie am 24. Juni selben Jahres verstarb. Ihr spektakuläres Grabmahl befindet sich in der Augustinerkirche und stammt vom klassizistischen Bildhauer Antonio Canova.
