Marie Christine wurde am 13. Mai 1742 in Wien als fünftes Kind von Kaiser Franz I. Stephan und Maria Theresia geboren. Schon früh verliebte sie sich in Prinz Albert Kasimir von Sachsen-Teschen, der häufig am Wiener Hof weilte. Diese Verbindung stiess jedoch auf den Widerstand ihres Vaters, der eine politisch vorteilhaftere Ehe für seine Tochter anstrebte und sie mit seinem Neffen, dem Herzog von Chablais und somit ihrem Cousin, verheiraten wollte. Ihre Mutter Maria Theresia hingegen zeigte grosses Verständnis für Marie Christines Wünsche, die als Lieblingstochter der Regentin galt.
Nach dem Tod ihres Vaters 1765 war Marie Christine frei, ihren Ehepartner selbst zu wählen. Im Jahr darauf heiratete sie Prinz Albert von Sachsen-Teschen, der von seinem Vater umfangreiche Besitztümer in Teschen geerbt und den Titel Herzog von Teschen angenommen hatte. Das Paar bekam 1767 eine Tochter, Christina, die jedoch nur wenige Tage lebte. Die schwierige Geburt hinterliess bei Marie Christine gesundheitliche Schäden, die weitere Schwangerschaften unmöglich machten. Ihr Bruder Leopold II. überliess ihr daraufhin seinen Sohn, Erzherzog Karl, den sie adoptierte.
1780 übersiedelte Marie Christine mit ihrem Mann nach Brüssel, wo Albert zum Generalstatthalter der Österreichischen Niederlande ernannt worden war. Nach den politischen Wirren und zweimaliger Flucht aus den Niederlanden verschlechterte sich Marie Christines Gesundheitszustand zunehmend. 1798 erkrankte sie schwer an Magenleiden und verstarb am 24. Juni desselben Jahres. Ihr prächtiges Schein-Grabmal in der Wiener Augustinerkirche, geschaffen vom klassizistischen Bildhauer Antonio Canova, zählt zu den bedeutendsten Kunstwerken seiner Zeit.
