Felix Habsburg-Lothringen wurde am 31. Mai 1916 in Schloss Schönbrunn in Wien als viertes Kind von Kaiser Karl I. und Kaiserin Zita geboren. Nach der Abdankung seines Vaters im Jahr 1918 verbrachte er seine Kindheit im Exil in der Schweiz, in Portugal und auf der Insel Madeira, wo sein Vater 1922 starb und beigesetzt wurde. Anschliessend lebte Felix mit seiner Familie in Belgien. 1937 kehrte er nach Österreich zurück, musste jedoch nach dem Anschluss an das nationalsozialistische Deutschland erneut fliehen. In der Folge setzte er sich gemeinsam mit seinem Bruder Otto nachdrücklich, jedoch erfolglos, für ein freies und unabhängiges Österreich ein.
1952 heiratete er Anna-Eugenie Herzogin von Arenberg, mit der er sieben Kinder hatte. Er liess sich in Mexiko nieder und war dort als Bankier und Wirtschaftsberater tätig. Zusammen mit seinem Bruder Carl Ludwig kämpfte er vergeblich um die Rückgabe des konfiszierten habsburgischen Privatvermögens. Da Felix sich weigerte, die Verzichterklärung auf Machtansprüche in Österreich zu unterzeichnen, blieb ihm die Einreise bis 1996 verwehrt, was sein Verhältnis zu Österreich entsprechend zwiespältig machte.
Er verfügte, im Kloster Muri und nicht in Wien bestattet zu werden, und verzichtete zudem darauf, sein Herz getrennt beisetzen zu lassen, wie es seine Eltern und sein Bruder Otto nach habsburgischer Tradition angeordnet hatten. Im Alter von 95 Jahren starb Erzherzog Felix in seiner mexikanischen Wahlheimat. In der Todesanzeige werden seine Adelstitel als „Erzherzog von Österreich, Prinz von Ungarn und Herzog von Bar“ genannt.
