Die Gründung der grossen, weithin sichtbaren Klosteranlage in Muri im aargauischen Freiamt erfolgte im Jahre 1027. Stifter waren der Habsburger Graf Radbot und seine Gattin Ita von Lothringen. Um 1032 beziehen die ersten Benediktinermönche aus dem Kloster Einsiedeln hierher, welche über acht Jahrhunderte im Kloster bleiben und dies zu den heutigen Dimensionen ausbauen werden. In der Zeit von 1080 bis 1240 war im Kloster Muri auch ein kleiner Nonnenkonvent untergebracht, welcher darauf ins Kloster Hermetschwil umsiedelte.
Blütezeiten wechselten sich im Laufe der Jahrhunderte mit Krisen ab, bis der grosse Rat des Kantons Aargau um 1841 beschloss, die Benediktinerabtei zusammen mit den sieben anderen Klöster des Kantons aufzuheben. Der Abt übersiedelte mit seinem Konvent um 1845 ins Kloster Gries bei Bozen, und ein Teil der Benediktinermönche zog nach Sarnen im Kanton Obwalden, wo sie das Kollegium übernahmen. Noch heute leben und wirken die Benediktiner in Gries und in Sarnen, wobei jedoch seit 1960 eine kleine Gruppe von Mönchen wieder ins Kloster Muri zurückgekehrt ist. Daneben befindet sich in den Klostertrakten ein Schulhaus, eine Pflegeanstalt und die Gemeindeverwaltung.
Das Kloster und vor allem die Klosterkirche stellen einen architekturhistorischen Höhepunkt in der Schweiz dar und sind von hohem kulturellem Wert. Das Alter der Anlage und die Erweiterungen werden anhand der unterschiedlichen Baustile ersichtlich. Neben der romanischen Krypta, dem gotischen Chor und dem gotischen Kreuzgang erstrahlt der Hauptteil der Anlage in Barock und Rokoko. In den Jahren 1695 bis 1697 entstand das Oktogon, der schweizweit grösste und bedeutendste Zentralbau in der Mitte der Kirche. Die prachtvolle Barock- und Rokokoausstattung der Kirche gehört zu den beeindruckendsten des Landes.
Ganz besondere Beachtung neben der reichen Stuckatur und den Fresken verdienen das perspektivische Chorgitter und das wertvolle Chorgestühl. Die Hauptorgel und die beiden Lettnerorgeln stammen aus dem frühen 17. Jahrhundert, sind von unschätzbarem Wert und gehören zu den bedeutendsten Kircheninstrumenten überhaupt. Eine weitere Besonderheit der Kirchenausstattung ist das Stifterdenkmal, welches das Gegenstück zur Kanzel bildet. Es wurde um 1750 errichtet im Auftrag von Fürstabt Gerold Haimb.
Auf der Spitze prangt der Doppeladler des Heiligen Römischen Reiches. Sein Körper trägt das Wappen Österreichs. Unter dem reich verzierten ovalen Baldachin und somit im Zentrum des Denkmals ist eine schwarze Marmortafel angebracht. Auf ihr stehen die Namen der Klosterstifter und der in Muri beigesetzten frühen Habsburger geschrieben. Darunter kniend die beiden Stifterfiguren Radbot und Ita. Sie tragen die spanische Hoftracht des 16. Jahrhundert Die prächtige Konsole ist mit dem Habsburger Löwen geschmückt. Das Stifterdenkmal ist das Werk des fürstenbergischen Hofschreiners Matthäus Baisch und des Fassmalers Niklaus Spiegel. Die beiden Stifterfiguren wurden vermutlich von Joseph Anton Hops hergestellt.
Der südlich an die Kirche anschliessende Kreuzgang besteht aus gotischen Fenstern mit einem äusserst wertvollen und bestens erhaltenen Glasgemäldezyklus aus dem 16. Jahrhundert An dessen Anfang befindet sich die Loretokapelle mit der Herzgruft, in welcher die Herzen von mehreren Habsburgern in Urnen bestattet sind. Die bedeutendsten davon sind die beiden Herzen des letzten Österreichischen Kaiserpaares Kaiser Karl I. und Kaiserin Zita von Bourbon-Parma. Ihre Herzen befinden sich in einem Kasten hinter dem Altar der Loretokapelle. Somit ruht das Herz der letzten Habsburger da, wo die Dynastie entstanden ist.
In der Klosterkirche Muri finden regelmässig hochkarätige Musikveranstaltungen statt. Eine treibende Kraft für die Durchführung davon ist die Vereinigung Freunde der Klosterkirche Muri. Der Verein verfolgt zudem den Zweck, die benediktinische Tradition in Muri zu pflegen und die Klosterkirche als bedeutendes Baudenkmal zu erhalten.