Werner war der dritte Sohn von Radbot von Habsburg und dessen Frau Ita von Lothringen, Gründepaar des Klosters Muri. Werner entschloss sich, die Herrschaft über die elterliche Klostergründung abzulehnen und liess das Kloster in eine Schirmvogtei umwandeln. Werner stand mit Herzog Rudolf von Rheinfelden in semi-verwandtschaftlicher Verbindung: Der Rheinfelder war ein Sohn Herzog Kunos, Stiefbruder von Ita. Damit wird die ausschliesslich in den Acta Murensia erwähnte Verbindung der Grafen von Rheinfelden mit den frühen Habsburgern untermauert.
Ein wichtiger Schritt im beginnenden Aufstieg der Habsburger war Werners Heirat mit Reginlind von Baden. Damit entstand eine verwandtschaftliche Liaison mit den Grafen von Lenzburg, ein reiches Adelsgeschlecht mit weitläufigen Besitztümern. als Schirmherren des Klosters Säckingen verfügten die Lenzburger auch jenseits des Rheins grossen Einfluss. Werner und Reginlind hatten zwei Söhne – Albrecht und Otto.