Als um 1679 in Wien die Pest wütete, war Kaiser Leopold I. mit seiner dritten Frau Eleonore von Pfalz-Neuburg nach Linz geflohen. Dort wurde am 13. Dezember 1680 Erzherzogin Maria Elisabeth geboren. Als die zweite Türkenbelagerung zuende war, wuchs die Kaisertochter ab 1683 am Wiener Hof umgeben von barocker Pracht auf. Sie wurde sorgfältig erzogen und erhielt Unterricht in Französisch, Italienisch und Latein. Sie studierte später den Stammbaum ihrer Ahnen und verfasste mit 19 Jahren eine Geschichte des Hauses Habsburg.
Im Jahre 1725 wurde Maria Elisabeth von ihrem Bruder Karl VI. für das Im Jahre 1725 wurde Maria Elisabeth von ihrem Bruder Karl VI. für das Statthalteramt der österreichischen Niederlande auserwählt. Maria Elisabeth lebte sich in dem Land an der Nordsee sehr gut ein und verfügte über hohe Kompetenzen, welche jedoch nicht genau erforscht sind. Sie hatte die Befugnis, Bischöfe und Äbte zu ernennen, wenn auch nach Absprache mit dem Wiener Hof. Ihr wurde ein hohes Gehalt gewährt, was es ihr ermöglichte, feudal zu residieren. Sie trat als grosszügige Mäzenin auf, insbesondere im Bereich der Musik.
Maria Elisabeths Politik wurde vom Wiener Hof nicht immer goutiert. Dafür war sie bei den Niederländern hoch angesehen und beliebt. 1741 starb die Statthalterin auf Schloss Mariemont in der Nähe von Charleroi. Ihre sterblichen Überreste wurden in der Kathedrale von Brüssel beigesetzt, um 1749 jedoch in die Wiener Kapuzinergruft überführt.