Johann wurde im Jahr 1290 als Sohn Herzog Rudolfs II. und Agnes von Böhmen geboren. Da sein Vater kurz vor seiner Geburt verstarb, lebte Johann vermutlich mit seiner Mutter im Aargau, wie eine Schenkungsurkunde aus Brugg von 1294 nahelegt. Ab 1306 forderte Johann von seinem Onkel, König Albrecht I., die Herausgabe seines väterlichen Erbes. Zudem hätte ihm mütterlicherseits der Besitz von Lenzburg und Baden aus den kyburgischen Ländereien zugestanden, doch auch diese wurden von Albrecht I. als Vormund verwaltet.
Albrecht verweigerte jedoch Johanns Forderungen, was dazu führte, dass Johann von der Bevölkerung spöttisch „Herzog ohne Land“ genannt wurde. Enttäuscht und verbittert verbündete sich Johann daraufhin mit den schwäbischen Rittern Rudolf von Balm, Walter von Eschenbach, Rudolf von Wart und Konrad von Tegerfeld, um gemeinsam ein Mordkomplott gegen den König zu schmieden. Am Abend des 30. April 1308 nahm Johann an einem von Albrecht organisierten Festmahl in Winterthur teil. Als Albrecht jedem Gast einen Blumenkranz überreichen liess, warf Johann diesen seinem Onkel ins Gesicht und erklärte, ihm stünde wohl mehr zu als ein blosser Blumenkranz. Verärgert brach Albrecht das Fest vorzeitig ab.
Der geplante Mordanschlag geschah am Folgetag, am 1. Mai 1308, in Windisch, als Albrecht zu Pferde auf dem Heimweg zu seiner Frau war. Beim heutigen Königsfelden wurde Albrecht von Johann und seinen Mitverschwörern erwartet. Als Albrecht vorbeiritt, stürmte Johann auf ihn zu und spaltete ihm mit einem einzigen Hieb den Schädel. Nach der Tat flohen die Mörder, und Johann verschwand spurlos.
Heinrich von Luxemburg, der nachrückende König, erklärte Johann für vogelfrei und beschlagnahmte dessen Vermögen. Elisabeth von Görz-Tirol, Albrechts Witwe, und Johanns Mutter Agnes von Böhmen sollen daraufhin grausame Rache an den Familien der Mörder genommen haben. Von den Attentätern wurde nur Rudolf von Balm gefasst und als Strafe gerädert. Seine Frau – so heisst es – sei bis zu seinem Tod an seiner Seite geblieben und habe sich anschliessend das Leben genommen. Der Legende nach sollen die beiden Königswitwen aus Zorn Raubzüge und Verwüstungen im Bodenseeraum angeordnet haben. Agnes stiftete das Kloster Königsfelden an der Stelle, wo Albrecht ermordet wurde. Das für den Klosterbau verwendete Geld soll von Raubzügen stammen.
Über das Schicksal Johanns herrscht bis heute Ungewissheit. Es wird vermutet, dass er nach Italien floh und in Pisa als Mönch seinen Lebensabend verbrachte. Als Todesjahr wird entweder 1312 oder 1313 angegeben. Eine Legende besagt hingegen, dass man am Neuen Markt in Wien oft einen blinden Bettler gesehen habe, der sich als Johanns Sohn ausgab – man vermutete, es könnte Johann selbst gewesen sein. Der Beiname „Parricida“ bedeutet „Verwandtenmörder“.