1. Bezirk, Franziskanerplatz
Bereits vor dem Bau der Franziskanerkirche und des Klosters befand sich an dieser Stelle eine Begräbnisstätte. Es wird vermutet, dass im 13. Jahrhundert ein hoher Geistlicher in der alten Brüdergruft beigesetzt wurde. Diese Gruft erstreckte sich über zwei Etagen. Über 1.000 Tote dürften im Laufe der Zeit unter der Franziskanerkirche bestattet worden sein. Die alte Brüdergruft liegt unter dem Betchor, während sich unter den Seitenaltären jeweils eine weitere Gruft befindet. Diese waren ursprünglich nur von oben zugänglich und wurden im Jahr 1739 miteinander verbunden.
Zur Zeit Napoleons wussten die Franzosen, dass in der Franziskanergruft nicht nur Mönche, sondern auch bedeutende und wohlhabende Persönlichkeiten unter anderem aus den Familien Trauttmansdorff, Gonzaga, Hoyos beigesetzt waren. Sie plünderten die Gruften entwendeten Totengaben sowie Grabschmuck und hinterliessen eine heillose Verwüstung. Vor dem Zweiten Weltkrieg stieg der junge Franziskanerbruder Pius Fraberger in die Gruft hinab, um sie zu inspizieren. Der Mönch machte es sich zur Aufgabe, wieder Ordnung in der Totenstätte zu schaffen. Täglich stieg er in die Gruft hinab, doch seine Mission blieb unvollendet: Bei seiner Arbeit zog er sich eine schwere Infektion zu und starb am 4. Juni 1932 im Alter von nur 22 Jahren. Die Gruft wurde daraufhin gesperrt und jeglicher Zutritt verboten. Erst in den 1990er-Jahren konnte Bruder Pius‘ Werk abgeschlossen und die Gruft aufgeräumt werden. 1998 wurde sie neu eingesegnet.
Im Zuge von Sanierungsarbeiten an der Bausubstanz unter der Franziskanerkirche entdeckte man einen Tunnel in Richtung Franziskanerplatz, von dem man annimmt, dass er früher zum Stephansdom geführt hatte. Auf Wunsch des Klosters wurde dieser Tunnel jedoch nicht weiter untersucht, sondern zugemauert. Zudem stiess man bei den Bauarbeiten auf Grüfte unter den Seitenaltären, in denen sich mehrere mumifizierte Leichen befanden. Diese wurden geordnet, gesegnet und neu bestattet. Neben diesen gut erhaltenen Leichen enthielten die Gruften Zinnsärge von 1620 und zwei besonders prachtvolle Sarkophage der Familie Hoyos aus dem Jahr 1684. Ausserdem wurden ein alter Brunnen, gotisches Geschirr, römische Scherben und der Grabstein der letzten Äbtissin des Ordens der Büsserinnen entdeckt.