Am 14. Juni 1529 wurde Ferdinand in Linz geboren. 1547 erhielt er von seinem Vater Ferdinand I. das Verwalteramt Böhmens. Seine erste Ehe mit Philippine Welser aus Augsburg führte er heimlich, denn sein Vater erlaubte ihm diese Heirat nur unter der Bedingung der Verschwiegenheit. Das Paar hatte mehrere Kinder, welche nicht als Nachfolger des Kaiserhauses in Frage kamen, jedoch im Falle eins Aussterbens des Habsburgergeschlechts dafür eingesetzt werden konnten.
Nach dem Ableben seines Vaters wurde Ferdinand Herrscher über Tirol und die Vorlande, blieb aber noch bis 1567 Statthalter von Böhmen. Er trieb in seinem Land die religiöse Gegenreformation an und sorgte für Landesordnung. Ferdinand war Kunstliebhaber und besass eine grosse und wertvolle Sammlung an Harnischen und Portraits, was ihn jedoch in Verschuldung brachte. Nach dem Tod seiner Frau Philippine im Jahre 1580 vermählte er sich 1582 mit Anna Katharina Gonzaga, der Tochter Herzog Wilhelms von Mantua. Ihre Tochter Anna heiratete später Ferdinands Neffen Kaiser Mathias. Nach Ferdinands Tod am 24. Januar 1595 in Innsbruck, fiel das Tirol wieder in den Besitz der anderen Habsburgerlinien.