Die erste Gattin Kaiser Leopolds I., Margarita Teresa von Spanien, erlitt während ihrer sechs Ehejahren zwei Fehlgeburten. Daneben gebar sie vier Kinder, von denen Maria Antonia (auch Margarita Antonia) die einzige war, welche das Erwachsenenalter erreichte. Diese Verluste dürften daher gerührt haben, dass Margarita Teresa Leopolds Nichte war und es sich hiermit quasi um Inzest handelte.
Maria Antonia kam im Jahre 1669 zur Welt und wurde bereits im Alter von sieben Jahren mit ihrem eigenen Onkel Karl II. verlobt. Dieser starb jedoch bereits in jungen Jahren. Ihre Heirat mit Kurfürst Max II. Emanuel von Bayern im Jahre 1685 hatte einzig politische Zwecke, denn als Enkelin Philipps IV. von Spanien hatte Maria Antonia spanische Erbrechte. Zwar musste Max bei der Heirat darauf verzichten, aber als bekannt wurde, dass Karl II. von Spanien keine Kinder zeugen konnte, flammten die Ansprüche wieder auf. Selbstredend also, dass Maria Antonias Ehe keine besonders glückliche war.
Dennoch wurde sie schwanger und gebar im Jahre 1692, nachdem ihr Mann Generalstatthalter der Spanischen Niederlande in Brüssel geworden war, in Wien einen Sohn, Prinz Joseph Ferdinand. Dorthin hat sie sich aus Frust zurückgezogen, nachdem ihr Mann zahllose Liebschaften hatte. Zwei Monate nach der Geburt erlag Maria Antonia an den Folgen eines schweren Kindbettfiebers. Kurz vor ihrem Ableben enterbte sie ihren Gatten. Ihr Sohn starb bereits im Jahre 1699 im Alter von sieben Jahren.