Am 13. August 1743 wurde Erzherzogin Maria Elisabeth in Wien als sechstes Kind von Maria Theresia und Franz I. Stephan geboren. Das Mädchen galt als schönste aller Kaisertöchter, wird als kokett, eitel und leichtlebig beschrieben und erhielt schon bald zahlreiche Heiratsanträge, welche ihre Mutter jedoch allesamt ablehnte, weil sie die Schönheit Maria Elisabeths gezielt für die Habsburgische Heiratspolitik einzusetzen plante. So sollte Maria Elisabeth – so die Mehrheit der historischen Quellen – mit 24 Jahren mit König Ludwig XV. von Frankreich vermählt werden. Jedoch kurz vor der geplanten Hochzeit erkrankte Maria Elisabeth an den Pocken, welche ihr Gesicht schwer entstellten. So war es mit ihrer Schönheit vorbei, und die Hochzeit fiel ins Wasser.
Gegen dieses Faktum spricht jedoch, dass Ludwig XV. zur Zeit der Erkrankung Maria Elisabeths noch verheiratet war. Die Königin Frankreichs verstarb erst im Folgejahr. Unter diesem Aspekt ist davon auszugehen, dass Maria Theresia trotz der schweren Spuren, welche die Krankheit an Maria Elisabeths Erscheinung hinterlassen hat, versuchte, ihre Tochter mit dem Franzosen zu vermählen. Immerhin hat der König offenbar nach einem Porträt der Habsburgerin verlangt. Die Zusendung dessen blieb unbeantwortet. Es ist somit davon auszugehen, dass Ludwig kein Interesse an der Erzherzogin hatte. Was auch immer die korrekte Version ist – Maria Elisabeth überlebte die Krankheit
Maria Theresia hatte nach dem Tod ihres Mannes 1765 in Innsbruck ein Stift gegründet für unvermählte adlige Damen, die für das Seelenheil ihres Gatten beten sollten. Maria Elisabeth trat 1780 diesem Stift bei und hatte das Amt der Äbtissin inne. Sie wurde trotz einer spitzen Zunge als beliebte Person beschrieben, welche stets zu Spässen aufgelegt war und die ganze Familie zu unterhalten wusste, wenn die auf Besuch war. Zudem war sie bis ins Alter sehr temperamentvoll und erheiterte ihre Mitmenschen mit ihrer bodenständigen Art. Langeweile war ihr grösster Feind. Um 1805 musste Maria Elisabeth vor Napoléons einmarschierenden Truppen nach Linz fliehen, wo sie am 22. September 1808 starb. Ihr Grab befindet sich im Linzer Dom.