Kunigunde wurde am 16. März 1465 als Tochter von Friedrich III. und Eleonore von Portugal in Wiener Neustadt geboren. Hier und in Graz wuchs sie auf in einem bislang unbeschwerten Umfeld ohne strenge und beengende höfische Sitten. Als um 1470 der ungarische Matthias Corvinus um Kunigundes Hand anhielt, wies ihn ihr Vater ab. Anders als um 1485 der bayrische Herzog Albrecht IV. sein Heiratsinteresse kundtat, denn dieser erhoffte sich dadurch einen Machtgewinn, nachdem er nach dem Tode seines Freundes Niklas von Abensperg dessen Erbe widerrechtlich angeeignet hatte. Da Friedrich III. permanent in finanziellen Nöten war, erklärte er sich mit der Heirat einverstanden und dass dadurch das Erbe der Abensperg als Kunigundes Mitgift in des Herzogs Besitz überging.
Der hinterhältige Albrecht liess während der Aushandlungen für die Hochzeit die Stadt Regensburg besetzen, woraus Friedrich sein Einverständnis zurückzog. Deshalb präsentierte Albrecht der Kunigunde eine gefälschte Einwilligung zur Hochzeit und liess darauf am 2. Januar 1487 in Innsbruck die Trauung vollziehen. Kunigunde entrann nur dank der Bemühungen ihres Bruders Maximilian einer Reichsacht. Zunächst war Kunigundes Ehe durch diese Missstände getrübt, und erst nach der Versöhnung mit Ihrem Vater – ebenfalls durch Maximilian begünstigt – legten sich die Spannungen. Das Paar hatte acht Kinder, fünf Töchter und drei Söhne. Nachdem Albrecht gestorben war, zog sich Kunigunde ins Püttrichkloster in München zurück und verbrachte da den Rest ihres Lebens. Sie starb dort am 6. August 1520.