Geboren wurde Ferdinand Joseph Johann Baptist am 6. Mai 1769 in Florenz. Von Marchese Manfredini erhielt er eine hervorragende Erziehung und wurde Grossherzog von Toskana, nachdem sein Onkel Joseph II. um 1790 gestorben und sein Vater Leopold II. Kaiser geworden war. Um 1792 war er gewillt, die französische Republik zu anerkennen, wurde jedoch darauf von Russland und England gezwungen, der Koalition gegen Frankreich beizutreten und die Neutralität abzulegen. Nach Frankreichs Besetzung von Piemont trat er jedoch wieder aus der Koalition und beschloss den Frieden mit Frankreich.
Doch als Frankreich für die Unabhängigkeit Italiens immer bedrohlicher wurde, flüchtete er nach Wien, nachdem französische Truppen in Florenz einmarschiert waren. Durch den Frieden von Lunéville zwischen Frankreich und Kaiser Franz II. war der Koalitionskrieg um 1801 beendet, und Ferdinand III. musste auf die Toskana verzichten, erhielt dafür aber das neu entstandene Herzogtum Salzburg. Dies verlor er jedoch bald wieder und wurde um 1805 als Entschädigung Grossherzog von Würzburg, wo er auch nur kurz regierte. Durch den Pariser Frieden von 1814 gelangte die Toskana mit einigen Erweiterungen an ihn zurück.
Ferdinand III. war in erster Ehe mit Luise von Sizilien verheiratet, mit welcher er sechs Kinder hatte. Seine zweite Frau war Prinzessin Marie von Sachsen, mit der er keine Kinder hatte. Er war sehr um die Förderung des Handels und der Wissenschaft bemüht und engagierte sich für die Kunst. Er war musikalisch und hatte für militärische Angelegenheiten wenig übrig. Er war grundsätzlich ein zurückhaltender Mensch, jedoch sehr ausdauernd beim Verfolgen seiner Ziele und Ansprüche. Am 17. Juni 1824 starb Ferdinand III. in Florenz.