Erzherzog Johann war die Nummer 13 innerhalb des insgesamt 16-köpfigen Kinderreigens, den Kaiser Leopold II. mit seiner Frau Maria Ludovica hervorgebracht hat. Der am 20. Januar 1782 in Florenz geborene Johann war gerade mal zehn Jahre alt, als seine Eltern verstarben – beide im selben Jahr. Sein 14 Jahre älterer Bruder Franz rückte auf den Kaiserthron nach. Er übernahm sowohl Erziehung als auch Vormundschaft Johanns. Das Verhältnis zwischen den beiden Brüdern war von Anfang an schwierig. Johann war eine lebensfrohe, weltoffene Natur, der die Reize der Jugend gerne auskostete, während Franz einen deutlich gesetzteren und bornierteren Charakter hatte. Als Oberhaupt der Dynastie erwartete der Kaiser von allen Gehorsam und Unterwerfung, was dem wissbegierigen, freiheitsliebenden Johann das Leben zunehmend erschwerte.
Franz schickte im Jahre 1800 den erst 18-jährigen Johann als wenig erfahrenen Befehlshaber der kaiserlichen Armee in den Krieg. Die Niederlage in der Schlacht bei Hohenlinden gegen die Franzosen hat Johann traumatisiert, so dass er sich für längere Zeit zurückzog. Darauf wurde Johann ins Tirol geschickt als Stellvertreter des Kaisers mit der Aufgabe, das Land gegen die vom revolutionären Frankreich her drohenden Kriege zu stärken. Erzherzog Johann machte das Prinzip der Landwehr beliebt, bei der das Volk selbst zur Waffe greift und sein Territorium verteidigt. Doch 1805 fiel Tirol an das mit Frankreich verbündete Bayern. 1809 entbrannte ein offener Aufstand der Tiroler. Schliesslich entschied sich Kaiser Franz wider seines Versprechens, das Land aufzugeben.
Noch im selben Jahr kommandierte Johann die so genannte Südarmee. Bei der Schlacht bei Wagram im Juli 1809 soll er zu spät reagiert und eingegriffen haben. So wird Erzherzog Johann die Hauptschuld an der Niederlage gegen die Franzosen gegeben. Johann begab sich daraufhin in die Steiermark. Sein Vorschlag eines so genannten «Alpenbundes», bei dem sich die Provinzen selbstständig und losgelöst von Wien verteidigen können, kam bei Kaiser Franz ganz und gar nicht gut an. Dieser pfiff seinen Bruder sofort zurück und übertrug ihm fortan keinerlei politischen Ämter mehr. Die Steiermark blieb Johanns zentraler Wirkungsort. 1811 gründete er das Joanneum, eine Technisch-naturwissenschaftliche Lehranstalt. 1818 erwarb er den ländlichen Brandhof bei Mariazell im Rahmen einer Auktion. Johann erweiterte das Gut zu einem ansehnlichen Landsitz.
„Unstandesgemässe“ Liebe
1819 kam es am Ufer des Toplitzsees zu einer besonderen Begenung: Der mittlerweile 37-jährige Erzherzog traf hier auf die 22 Jahre jüngere Anna Plochl, die reizende Tochter des örtlichen Postmeisters. Die beiden verliebten sich ineinander. Bruder Franz war höchst unerfreut darob, und er unternahm alles, seinen kleinen Bruder dazu zu bewegen, diese unstandesgemässe Verbindung aufzulösen. Johann dachte nicht daran. 1829, nach langem Tauziehen mit seinem Bruder und ersehnter Zustimmung dessen, heiratete Johann seine Anna zu nächtlicher Stunde still und heimlich in der Hauskapelle des Brandhofes. Johann musste deshalb auf die Möglichkeit einer Thronfolge verzichten und hinnehmen, dass seine Nachkommen keine Adelstitel tragen sollen. 1834 jedoch war Kaiser Franz bereit, Anna Plochl in den Freifrauenstand zu erheben. 1839 wurde Franz geboren, einziger Sohn des Paares. Lebensmittelpunkt der Familie war Graz.
Der als nahbarer und bodenständiger Volksfreund ins allgemeine Bewusstsein eingegangene Erzherzog Johann starb am 11. Mai 1859 an einer Lungenentzündung. Er wurde zunächst in Graz beigesetzt. 1869 wurden seine sterblichen Überreste in die neue Familiengruft auf Schloss Schenna bei Meran verbracht. Der Erzherzog hatte dieses 1844 erworben.