Auf dem Wülpelsberg im heutigen Eigenamt unmittelbar neben den Aargauer Städten Brugg und Windisch baute Radbot Graf von Klettgau um 1020-30 im Zuge der Herrschaftsbildung und der Nähe zum Kloster Muri die Habsburg (Habichtsburg). Radbots Enkel Otto II. war der erste, welcher sich Graf von Habsburg nannte Otto II. unterlag das Grafenamt Elsass, und seine Nachkommen bewohnten bis ca. 1230 die Stammburg im Eigenamt.
Darauf wurde sie an Dienstadlige verliehen, wobei die hintere Burg von den Truchsessen von Habsburg-Wildegg und die vordere Burg von den Herren von Wülpelsberg und den Rittern von Wolen bewohnt wurde. Um 1371 wurden beide Burgteile durch Henmann von Wolen vereint, und er selbst bewohnte die hintere Burg.
Nachdem die Eidgenossen um 1415 den Aargau erobert hatten, musst Henmann die Lehenshoheit des Standes Bern anerkennen, verarmte und überschrieb die Burg um 1419 seinem Neffen Peter von Greifensee. Dieser veräusserte die Burg um 1457 an Bern, und fünf Jahre später kaufte Arnold Segesser die Festung. Um 1469 kam das Kloster Königsfelden in Windisch in den Besitz der Habsburg, welche aber um 1528 wieder an Bern zurückging, weil das Kloster im Zuge der Reformation aufgehoben wurde. Die Verwaltung des Schlosses unterlag den Hofmeistern von Königsfelden, welche einen Wächter stellten, der die Burg bewohnte.
Um 1804 wurde der Kanton Aargau Besitzer der Habsburg. Grössere Restaurierungen wurden 1868, 1898, 1946-49, 1973 und 1994-96 vorgenommen. In den Jahren 1978-83 wurden die Überreste der östlichen Burg ausgegraben und konserviert. Die ursprüngliche Burg von 1020 bestand zum grössten Teil aus Holz, und nur das Wohngebäude auf dem höchstgelegenen Punkt in Osten des Grundstücks war gemauert. Die Reste einer Umfassungsmauer, welche gefunden wurden, stammen aus dem Jahr 1050. Ende 11. Jahrhundert wurde die Festung zur Doppelburg ausgebaut mit je einem Hauptgebäude im Westen und Osten. Dabei wurden die Wohn- und Wehrtrakte aus Stein gebaut, und es entstand ein für damalige Verhältnisse fortschrittlich angelegtes Burgsystem.
Im 12. Jahrhundert wurde die Festung weiter ausgebaut, wobei ein Burghof und eine zweigeschossige Kapelle entstanden. Ab 1200 wurde hauptsächlich er Westteil der Anlage ausgebaut. Es entstanden zuerst der grosse Wohnturm und die nach Westen erweiterte Ringmauer mit Flankierungsturm. Um 1220/30 wurde die vordere Burg verlassen. Wenig später wurde die hintere Burg neu konzipiert. Die Truchsessen von Habsburg-Wildegg bauten eine Hofmauer und ein Palas, welches zusammen mit den beiden bestehenden Türmen die Burganlage bildeten, wie sie heute noch besteht. Der zunehmende Zerfall der östlichen Anlage bedeutete eine Einbusse an Verteidigungsfähigkeit gegenüber Angreifern aus dem Osten.
Aus diesem Grunde legte man im 14. oder 15. Jahrhundert im Burghof einen Graben an, welcher das Vordringen zur Westburg erschweren sollte. Fast 300 Jahre stand die Habsburg ohne Bautätigkeit da. Um 1559 unternahm endlich der Kanton Bern dringend nötige Sanierungen an der hinteren Burg vor. Dabei wurde der Palas erneuert und der Innenhof zum Wohntrakt ausgebaut.
Etwas später wurde die Schlosskapelle abgetragen, der Bruggraben gefüllt und die Ruinen der vorderen Burg abgetragen. Der Sodbrunnen (der tiefste der Schweiz) wurde in dieser Zeit aufgegeben. Er ist heute wieder freigelegt und kann besichtigt werden.