Auf dem Wülpelsberg im heutigen Eigenamt, nahe den Aargauer Ortschaften Brugg und Windisch, errichtete Radbot Graf von Klettgau zwischen 1020 und 1030 im Zuge seiner Herrschaftsbildung und der Nähe zum Kloster Muri die Habsburg (Habichtsburg). Radbots Enkel Otto II. war der erste, der sich Graf von Habsburg nannte. Otto II. stand dem Grafenamt im Elsass vor, seine Nachfahren bewohnten die Stammburg im Eigenamt bis etwa 1230.
Anschliessend wurde die Burg an Dienstadelige verliehen: Die hintere Burg ging an die Truchsessen von Habsburg-Wildegg, während die vordere von den Herren von Wülpelsberg und den Rittern von Wolen bewohnt wurde. 1371 vereinte Henmann von Wolen beide Burgteile und nahm selbst in der hinteren Burg Wohnsitz.
Nach der Eroberung des Aargaus durch die Eidgenossen 1415 war Henmann gezwungen, die Lehenshoheit des Standes Bern anzuerkennen. Verarmt überschrieb er die Burg 1419 seinem Neffen Peter von Greifensee, der sie 1457 an Bern verkaufte. Fünf Jahre später erwarb Arnold Segesser die Festung. 1469 ging die Habsburg in den Besitz des Klosters Königsfelden in Windisch über, nach der Aufhebung des Klosters im Zuge der Reformation 1528 fiel sie jedoch wieder an Bern zurück. Die Verwaltung der Burg übernahmen die Hofmeister von Königsfelden. Diese stellten einen Wächter, der in der Burg wohnte.
1804 wurde der Kanton Aargau Eigentümer der Habsburg. Umfangreichere Restaurierungen erfolgten in den Jahren 1868, 1898, 1946–49, 1973 und 1994–96. Zwischen 1978 und 1983 wurden die Überreste der östlichen Burg freigelegt und konserviert. Die ursprüngliche Burg von 1020 bestand grösstenteils aus Holz, lediglich das Wohngebäude auf dem höchsten Punkt im Osten des Areals war aus Stein gebaut. Die gefundenen Reste einer Umfassungsmauer datieren auf das Jahr 1050. Ende des 11. Jahrhunderts wurde die Festung zu einer Doppelburg ausgebaut mit jeweils einem Hauptgebäude im Westen und Osten. Die Wohn- und Wehrtrakte wurden aus Stein errichtet – es entstand ein für die damalige Zeit fortschrittliches Burgsystem.
Im 12. Jahrhundert erfolgte ein weiterer Ausbau der Festung, bei dem ein Burghof und eine zweigeschossige Kapelle entstanden. Ab 1200 konzentrierte sich der Ausbau hauptsächlich auf den Westteil der Anlage. Zunächst entstand ein grosser Wohnturm, und die Ringmauer wurde nach Westen erweitert, inklusive eines Flankierungsturms. Um 1220/30 wurde die vordere Burg verlassen, wenig später die hintere Burg neu konzipiert. Die Truchsessen von Habsburg-Wildegg errichteten eine Hofmauer und einen Palas, der zusammen mit den beiden Türmen die heutige Burganlage bildet. Der fortschreitende Verfall der östlichen Anlage führte zu einer Abnahme der Verteidigungsfähigkeit gegen Angriffe aus dem Osten.
Aus diesem Grund legte man im 14. oder 15. Jahrhundert im Burghof einen Graben an, um den Zugang zur Westburg zu erschweren. Fast 300 Jahre lang blieb die Habsburg ohne grössere Bautätigkeiten. Erst 1559 nahm der Kanton Bern dringend notwendige Sanierungen an der hinteren Burg vor. Der Palas wurde erneuert und der Innenhof zum Wohntrakt umgebaut. Wenig später wurde die Schlosskapelle abgetragen, der Burggraben aufgefüllt und die Ruine der vorderen Burg eingeebnet. Der Sodbrunnen – der tiefste der Schweiz – wurde in dieser Zeit aufgegeben, ist heute jedoch wieder freigelegt und kann besichtigt werden.