In den Jahren 1693 bis 1695 kaufte Thomas Zacharias Reichsgraf Czernin von Chudenitz in unmittelbarer Nachbarschaft zum heutigen Theresianum (kaiserliche Favorita) mehrere Grundstücke. Ab 1697 begann er mit dem Bau eines Sommerpalais. Der Architekt ist nicht bekannt, aber zeitgenössische Abbildungen lassen auf den Stil von Johann Lucas von Hildebrandt schliessen. Der Reichsgraf scheute keine Kosten bei der Ausstattung des Palastes und dessen Gartens, jedoch verstarb er im Jahre 1700 unerwartet.

Nach einem vorübergehenden Besitzerwechsel ging das Anwesen an Michael Johann Graf von Althan, ein sehr einflussreicher man am Wiener Hof. Er investierte abermals Unsummen in den Ausbau und die Erweiterung seines Besitzes. Um 1722 starb er, und das Palais erbte seine Witwe Maria Anna, geborene Pignatelli, eine ebenfalls sehr angesehene Persönlichkeit der Wiener Adelsgesellschaft. Alles was reich war und Namen hatte, ging bei der Gräfin ein und aus, und sie veranstaltete regelmässig beliebte Soiréen und übte grossen Einfluss auf die Wiener Mode aus. Als jedoch Kaiser Karl VI. starb und dessen Tochter Maria Theresia der Trauer wegen die Sommerresidenz auf der Wieden mied und sich auf den Bau von Schönbrunn konzentrierte, verschwand der Glanz um die Gräfin Althan allmählich. Um 1755 starb sie.

Nach einem Besitzerwechsel ende 18. Jrh. richtete der Möbelfabrikant Josef Danhauser seine Produktionsstätte im Palais Czernin ein, nachdem ein grosser Teil des Gartens als Baugrund verkauft worden war. Der Schicksal des Palais war damit so gut wie besiegelt. Nachdem Danhausers Erbe die Fabrik 1838 wegen Unfähigkeit in den Ruin getrieben hatte, wurde das Palais zu einem Krankenhaus umfunktioniert, wofür mehrere Umbauten vorgenommen wurden. Nur der Mitteltrakt erinnerte noch an die einstige barocke Pracht. Nach dem Zweiten Weltkrieg gab man das Krankenhaus auf und brach das Gebäude ab. Es entstand der Berta-von-Suttner-Hof, eine grosse Wohnanlage der Nachkriegszeit. 

Das Palais Czernin-Althan war ein barocker, mehrfach gegliederter Gartenpalast mit einem oktogonalen Mittelteil mit auffälligem Dach. Dem Mitteltrakt war eine grosszügige Terrasse vorgelagert, von welcher aus eine zweifache Freitreppe in den Garten runterführte. Die Seitentrakte waren niedriger und hatten einfachere Giebeldächer. Der Garten war paradiesisch angelegt mit allerlei Schikanen wie Springbrunnen, wertvollen Pflanzen und Figuren. Die damals wenig verbaute Umgebung liess vom Palais aus einen herrlichen Blick auf die Stadt zu.