Geboren wurde Eduard Künneke im niederrheinischen Emmerich. An der Musikschule in Berlin war er der Meisterschüler von Max Bruch und schuf unter anderem ernste Musik. Er trat oft an die Öffentlichkeit mit seinen Orchesterwerken, Filmmusiken und Liederzyklen und wirkte des öfteren auch als Dirigent und Liedbegleiter bei Schallplattenaufnahmen. Bei der erstmaligen Gesamtaufnahme des zweiten Aktes aus Wagners ‚Tannhäuser‘ war Künneke der Dirigent. Künnekes Ziel war es, ein Opernkomponist zu werden. Aus diesem Genre schuf er zwei Werke: ‚Robins Ende‘ (1909) und ‚Coeur As‘ (1913). Der Erfolg blieb jedoch aus.
Während seines Amtes als Kapellmeister in Berlin erlebte Künneke die Erfolge der Operettenkomponisten Berthe (‚Das Dreimäderlhaus‘), Jessel (‚Schwarzwaldmädel‘) und Kollos (‚Drei alte Schachteln‘). Die bekannten Operettentexter Haller und Rideamus wurden auf Künnekes Talent aufmerksam und förderten ihn im Operettengenre. ‚Der Vetter aus Dingsda‚, dessen Uraufführung im Jahre 1921 erfolgte, war ein Welterfolg. Es folgte die Übersetzung in mehrere Sprachen. Musikwissenschafter plazierten das Werk zwischen Operette und intimer Musikkomödie. Die endgültige Bezeichnung war eine „Operette in intimem Rahmen“. Seine weiteren Bühnenwerke verzeichneten keinen vergleichbaren Erfolg mehr, jedoch konnten sich einige Ohrwürmer durchsetzen, welche auch heute noch oft zu hören sind.
Künneke selber war es unangenehm, stets in Verbindung mit dem ‚Vetter aus Dingsda‘ als Operettenkomponist abgestempelt zu werden. Er mochte diese Bezeichnung nicht, da er sich nicht als Operettenkomponist sah. In seinen Werken verwendete Künneke als einer der ersten seienr Zeit nicht die üblichen musikalischen Formen wie Walzer und Polka, sondern vermehrt Tango, Slowfox und andere neumodische Tanzformen.
Künnekes Frau, die Sängerin Katarina Garden, war eine halbarische. Das bereitete ihm in der Nazizeit einige Unannehmlichkeiten, weil er dadurch als „jüdisch versippt“ galt. Nach dem Zweiten Weltkrieg waren Musikschaffende wie Künneke kaum mehr gefragt. Das Musical und der Film haben die Operette verdrängt. Eduard Künneke verstarb am 27. Oktober 1953 im Alter von 68 Jahren in Berlin.